Die Überlieferung von Musō Jikiden Eishin Ryū wird auf Hayashizaki Jinsuke Minamoto no Shigenobu zurückgeführt. Innerhalb der genealogischen Entwicklung gewann insbesondere Hasegawa Chikaranosuke Eishin zentrale Bedeutung, da sein Name in die spätere Schulbezeichnung einging. Für die weitere Tradierung war sodann die Weitergabe in Tosa maßgeblich, wo sich wesentliche Teile der Überlieferung dauerhaft etablierten.

Mit der Verankerung in Tosa gewann die Überlieferung eine neue historische Funktion. Mehrere Quellen beschreiben Eishin-ryū beziehungsweise Tosa Eishin-ryū nicht nur als privat weitergegebenen Stil, sondern als eng mit der Kriegerkultur der Tosa-Domäne verbunden. Hayashi Rokudayū Morimasa, der 9. Sōke, diente dem Tosa-Daimyō Yamanouchi Toyomasa; in diesem Umfeld wurde die Schule in Tosa bewahrt, gefördert und an Samurai beziehungsweise Retainer der Domäne weitergegeben.

Historisch vorsichtig formuliert bedeutet das: Musō Jikiden Eishin Ryū war in Tosa Teil eines domänennahen militärischen und samuraischen Ausbildungskontexts. Gut belegt ist also die enge Bindung an die Kriegerschicht der Tosa-Domäne; weniger gut belegt sind im frei zugänglichen Web einzelne konkrete Kampfeinsätze oder Schlachtberichte, die sich direkt einer bestimmten Linie des späteren MJER eindeutig zuordnen lassen.

Gerade diese Verbindung zu Tosa erklärt jedoch, warum diese Schwerttradition nicht bloß als abstrakte Lehre überlebte, sondern als praktisch gepflegte Überlieferung innerhalb eines feudalen Macht- und Dienstsystems. Aus diesem Zusammenhang stammt auch die Bezeichnung Tosa Eishin Ryū, die in vielen historischen Darstellungen für die dort bewahrte Linie verwendet wird.

Für die neuzeitliche Gestalt des Stils ist vor allem Ōe Masamichi von Bedeutung. Ihm wird zugeschrieben, die überlieferten Inhalte neu zu ordnen, methodisch zu strukturieren und die große Zahl älterer Waza – in vielen Darstellungen rund 160 – zu einem klarer gegliederten Lehrsystem zusammenzuführen. Je nach Überlieferung werden heute ungefähr 80 bis 90 Formen als Kern des Curriculums beschrieben. Dadurch entstand eine Form, die den heutigen Unterricht in vielen Linien nachhaltig geprägt hat. Die moderne Erscheinungsform der Schule ist daher Ergebnis einer langen Überlieferung und sorgfältigen Reorganisation, nicht eines einzelnen Gründungsakts.

Auch die Entwicklung der Waffen und ihrer Trageweise prägte den Stil. Frühere Schwerttraditionen arbeiteten häufig mit dem tachi, einem längeren Schwert, das an Bändern mit der Schneide nach unten getragen wurde. Hasegawa Chikaranosuke Eishin passte wesentliche Elemente der Überlieferung an das Tragen des katana im Gürtel mit der Schneide nach oben an. Damit erhielt das schnelle Ziehen aus der Saya eine neue praktische Bedeutung; die Tatehiza-Formen werden in der Überlieferung ebenfalls mit dieser Entwicklung verbunden.